Abstract Worm infections pose a significant challenge to goat farming in the tropics. While individual variations in the animals' response to this disease are observed, understanding its genetic component is crucial for establishing effective herd production management, prioritizing the selection of goats with higher resistance to parasitism. This study aimed to assess goat response to worm infection under natural field conditions using data on eggs per gram of feces (EPG), body condition score (BCS), and conjunctival mucosa coloration (FAMACHA©). Cluster analysis and artificial intelligence (AI) techniques were applied to 3,839 data points from 200 individuals in an experimental goat herd in Piauí, Brazil. The study considered the phenotypic expression of resistance, sensitivity, and resilience to worm infection as responses to parasitism. Three clustering methods, namely Ward, Average, and k-means, were employed and compared with fuzzy logic obtained through the CAPRIOVI web software. The analysis revealed statistically significant differences (P<0.05) between the groups of animals classified as resistant, resilient, and sensitive to parasitism. Pregnancy and peripartum were identified as stages of heightened sensitivity to parasitism (P<0.05). Among the clustering techniques, traditional statistical methods exhibited excellent performance, with an overall accuracy percentage exceeding 90.00%. In contrast, CAPRIOVI's fuzzy logic demonstrated lower overall accuracy (77.00%). The clustering methods showed similar efficiency, but differed in terms of the distribution of animals per group, with a tendency towards greater numbers in the resistant category. Fuzzy logic circumvented this limitation by enabling the formation of groups tailored to meet the producer's interests, adding consistency in terms of the animals' response to worm infection. This finding highlights the potential of the software for goat health management.

Resumo A incidência de verminose é um dos principais obstáculos para a caprinocultura nos trópicos. A variação individual da resposta do animal à enfermidade existe, mas precisa ser determinado o seu componente genético e estabelecer o manejo zootécnico dos rebanhos, priorizando a seleção de animais mais resistente ao parasitismo. Objetivou-se nesse estudo avaliar a resposta de cabras à incidência de verminose sob condições de infecção natural a campo, com informações de ovos por grama de fezes (OPG), escore da condição corporal (ECC) e grau de coloração da mucosa conjuntiva (FAMACHA©), recorrendo a utilização de análise de agrupamento e a aplicação de inteligência artificial (IA). Foram utilizadas 3.839 informações de 200 indivíduos em um rebanho experimental de caprinos no Piauí. Considerou-se como resposta ao parasitismo a expressão fenotípica de resistência, sensibilidade e resiliência a verminose, submetidos a três métodos de agrupamento: Ward, Average e K-means, comparado com a lógica Fuzzy, obtidos com o software web CAPRIOVI. Os resultados demonstraram que os grupos de animais resistente, resiliente e sensível ao parasitismo foram estatisticamente distintos (P<0,05). As cabras durante a gestação e o periparto foram identificadas como fases de maior sensibilidade ao parasitismo (P<0,05). O CAPRIOVI aplica a lógica Fuzzy e apresentou o menor percentual de acerto global (77,00%), enquanto os métodos estatísticos tradicionais se destacaram com percentual de acerto global superior a 90,00%, demonstrando excelência estatística com esse fim. Os métodos de agrupamentos apresentaram semelhança na eficiência, mas diferiram quanto à distribuição de animais por agrupamento, com tendência de maior quantidade na categoria resistente. A aplicação da lógica Fuzzy contornou essa limitação ao direcionar a formação dos grupos visando atender o interesse do produtor, inserindo consistência em termos de resposta dos animais a verminose, qualificando o software com potencial para adequação ao manejo sanitário de caprinos.

RESUMO Objetivou-se aplicar Chip SNP caprinos 50 K da Illumina para analisar a estrutura genômica populacional em dois rebanhos de caprinos Marota, um particular e outro de conservação oficial, localizados no Piauí, e na investigação de indícios de erosão genética provocada pela raça Anglonubiana nesses rebanhos. Para isso, 86 animais Marota e 10 Anglonubianos foram genotipados. A diversidade genética foi analisada comparando-se alelos de menor frequência (MAF) nos rebanhos. A estrutura populacional e diferenciação genética foram avaliadas utilizando-se abordagem bayesiana, análise de componentes principais (PCA) e o índice de fixação (FST). A diferenciação genética alta (FST = 0,16) foi observada na população Marota em relação à população Anglonubiana. O rebanho particular compartilhou maior número de SNPs fixados com o rebanho Anglonubiano (1024) do que o rebanho de conservação oficial (741). Os resultados da PCA, juntamente com os da análise do Structure, mostraram a presença de genes Anglonubianos nos rebanhos Marota. Logo, conclui-se que elevado nível de polimorfismo e diferenciação genética alta entre caprinos Marota e Anglonubianos caracterizam esses animais como fonte de diversidade genética para a caprinocultura da região; o Chip SNP caprino 50 K da Illumina mostra-se eficiente para análise de estrutura populacional em caprinos Marota; as tecnologias de microarranjos, análises do programa Structure e Análise de Componentes Principais se complementam para ampliar a capacidade de detecção de introgressão gênica em pequenas populações; há indício de introgressão gênica da raça Anglonubiana nos rebanhos de caprinos Marota analisados.

ABSTRACT The aim of this study was to apply the Illumina 50 K goat SNP Chip to analyse population genomic structure in two herds of Marota goats in the State of Piauí, one private and the other an official conservation herd, and to investigate evidence of genetic erosion in these herds caused by the Anglo-Nubian goat. To that end, 86 Marota and 10 Anglo-Nubian animals were genotyped. Genetic diversity was analysed by comparing minor allele frequency (MAF) in the herds. Population structure and genetic differentiation were evaluated using a Bayesian approach, principal component analysis (PCA) and the fixation index (FST). High genetic differentiation (FST = 0.16) was seen in the Marota population in relation to the Anglo-Nubian. The private herd shared a greater number of fixed SNPs with the herd of Anglo-Nubians (1024) than did the conservation herd (741). The results of the PCA, together with those from the analysis carried out using the Structure software, showed the presence of Anglo-Nubian genes in the Marota herds. It can therefore be concluded that the high level of polymorphism and high genetic differentiation between Marota and Anglo-Nubian goats characterise these animals as a source of genetic diversity for goat farming in the region; the Illumina 50 K goat SNP Chip is efficient in population structure analysis in Marota goats; microarray technology, analysis using the Structure software, and Principal Component Analysis complement each other in expanding the ability to detect gene introgression in small populations; there is evidence of the introgression of Anglo-Nubian genes in the herds of Marota goats under analysis.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilidade de um subconjunto de 18 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) para a certificação das raças de ovinos Crioula Brasileira, Morada Nova (MN) e Santa Inês (SI). Dados de 588 animais foram analisados com o programa Structure. Em 82% dos casos, observou-se designação racial correta com confiança acima de 90%. A maioria dos casos de designação incorreta de raça foi observada em MN e SI. Portanto, apesar de o subconjunto de 18 SNPs ter confiabilidade elevada, ele não é suficiente para a inequívoca certificação das raças estudadas, principalmente das deslanadas. É necessário o desenvolvimento de um painel mais preciso para uso amplo em certificação racial.

Abstract: The objective of this work was to evaluate the usefulness of a subset of 18 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for breed identification of Brazilian Crioula, Morada Nova (MN), and Santa Inês (SI) sheep. Data of 588 animals were analyzed with the Structure software. Assignments higher than 90% confidence were observed in 82% of the studied samples. Most of the low-value assignments were observed in MN and SI breeds. Therefore, although there is a high reliability in this subset of 18 SNPs, it is not enough for an unequivocal assignment of the studied breeds, mainly of hair breeds. A more precise panel still needs to be developed for the widespread use in breed assignment.

RESUMO Objetivou-se com este trabalho realizar o inventário do ecótipo Gurgueia no Estado do Piauí, na região Nordeste do Brasil. O inventário compreendeu o levantamento histórico, com busca em literaturas, e o populacional feito a partir de visitas in loco nos rebanhos. Foi tomado em cada rebanho a localização geográfica por meio o por GPS e contagem dos animais com padrão fenotípico Gurgueia para classifica-la quanto ao risco de extinção. Observou-se a presença dos caracteres barba, chifres, brincos, os padrões de cor ruão, agouti e chocolate, e a presença de orelha reduzida que foram submetidos à análise descritivas simples. A literatura regional consultada não apresentou consistência sobre a origem do caprino Gurgueia no Piauí, mas indicaram que rebanhos instalados no vale do rio Gurgueia no Sul do Piauí, deram origem aos hoje classificados como Gurgueia. No estudo, houve a confirmação de poucos exemplares, apenas 119, dispersos em três microrregiões revelando que grupo genético Gurgueia está em situação crítica de desaparecimento. Nestes animais, observa-se alta frequência da ausência de brincos e do caráter presença de chifre (0,95). A frequência de barba foi de 0,52 e não houve ocorrência de pelos longos, indicando ausência da relação entre esses caracteres. O caráter ruão (0,96), a pelagem chocolate e padrão não-agouti (cor única) não estiveram presentes assim como a presença de orelha reduzida. O estudo pode apontar também que os caprinos Gurgueia apresentam-se em situação instável, já que a sua presença nos rebanhos está associada a outros tipos raciais.

SUMMARY The purpose of this study was to conduct the inventory of goat breed Gurgueia in the state of Piauí, Northeast region of Brazil. The inventory includes a historical survey - made by searching in the literature - and a population survey - made by gathering in loco information. The geographic location through GPS was taken in farms sheltering Gurgueia goats and then individuals Gurgueia were counted to estimate population size and classifying the risk of extinction. To characterize the Gurgueia breed, the presence of beard, horns, earrings, patterns of color roan, agouti and brown, and the presence of reduced ear were observed to perform simple descriptive analysis. The regional literature demonstrates lack of consistency about the origin of the Gurgueia breed. However, flocks of goats in the Gurgueia river valley, in Southern Piauí, gave origin to the breed denomination. The present study found out 119 Gurgueia individuals scattered in three micro-regions - classifying the Gurgueia breed as critically endangered. The morphological analysis shows low frequency of earrings (0,05) and high frequency of horn (0.95) in Gurgéia individuals. The beard frequency was 0.52 and was verified absence of long hairs, indicating no relationship between those. The analysis showed high frequency of roan pattern (0.96), absence of brown and single coat pattern (non-agouti). Reduced ear was absent. This inventory appointed that Gurgueia risk of endangerment is unstable, since its presence within herds is mixed with other breed types.

The aim of this study was to compare the genetic diversity of 12 populations of goats in Brazil and Morocco (n = 796) through the use of physical measurements and different multivariate techniques. Traits measured included wither height (WH), distance from the brisket to the ground (BH) and ear length (EL). The standardized Euclidean distance (D) was adopted. The D values were submitted to clustering analysis using hierarchical methods (from nearest neighbor and UPGMA - Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) and the numbers of clusters were analyzed using the Tocher optimization method. The population clustering was different depending on the method of analysis used. Among the hierarchical methods, UPGMA showed the best fit (CCC = 0.82). The Tocher method enabled the formation of four different clusters. Although the hierarchical and Tocher methods resulted in different cluster formations, both contributed to the interpretation of the genetic cluster divergence. The results obtained through UPGMA and Tocher optimization enable their use for future studies that may include a larger number of biometric variables on greater numbers of individuals and additional populations.

Um total de 292 animais de três raças (leiteiras Alpina e Saanen e a raça brasileira naturalizada Moxotó) foram genotipados, compreendendo 276 casos de paternidade. As análises estatísticas foram realizadas nos programas TFPGA e CERVUS. A heterozigosidade esperada variou de 0,542 (ILSTS005) a 0,825 (INRA006), com média de 0,717 para todos os loci. O conteúdo de informação polimórfica (Polymorphic information content, PIC) para todos os loci, foi de 0,676 e 0,542 e a probabilidade de exclusão (EP), de 0,999591 e 0,988375 para casos em que o genótipo materno era conhecido e desconhecido, respectivamente. A taxa de erro de identificação de paternidade é de 10% nos registros avaliados.

A total of 292 animals from three breeds (Alpine and Saanen dairy breeds, and the Brazilian naturalized breed Moxotó) were genotyped, comprising 276 paternity cases. Statistical analyses were carried out by using TFPGA and CERVUS programs. Heterozygosis ranged from 0.542 (ILSTS005) to 0.825 (INRA006), with an average of 0.717 for all loci. Polymorphic information content (PIC) was 0.676 and 0.542, and combined exclusion probabilities (EP) were 0.999591 and 0.988375 for known and unknown maternal genotypes, respectively. The microsatellite system reveals 10% of paternity misidentification in evaluated registers.

Brazilian naturalized goat breeds are adapted to the semiarid conditions prevalent in the Northeast region of the country (which has the largest Brazilian goat heard) and represent an as yet uninvestigated source of genetic diversity. Currently, imported goat breeds are crossed with Brazilian naturalized goat breeds, endangering the genetic potential of the naturalized breeds. We used 11 microsatellite markers to determine the genetic diversity among imported (non-naturalized) dairy Alpine and Saanen goats and naturalized Brazilian Moxotó goats. We genotyped 292 goats from three herds (one private, one from the University of Minas Gerais and the Moxotó conservation herd from Embrapa Caprinos) and found that the general heterozygosity was 0.6952 for Alpine, 0.7043 for Saanen and 0.4984 for Moxotó goats. The number of alleles ranged from 5 (INRA005) to 11 (BM3205), with an average of 7 alleles per locus in the imported breeds and 3.5 alleles per locus in the Moxotó breed. Mean differentiation between populations was higher for herds (F ST S = 0.0768) than for breeds (F ST P = 0.0263), indicating similarity between the imported breeds and the existence of crosses between them. Nei's genetic distance was highest between the Moxotó breed and the imported breeds. These indicate that further studies using these molecular markers would be fruitful.

A correlação entre os resultados do California Mastitis Test (CMT) e da Contagem de Células Somáticas (CCS) foi estudada em 68 cabras das raças Anglo-Nubiana, Pardo Alpina e Saanen. Os dados foram coletados quinzenalmente, durante sete meses, realizando-se a CCS em amostras de leite bacteriologicamente negativas. Os resultados mostraram uma correlação positiva e significativa (p < 0,05) entre os testes avaliados, com um coeficiente de r = 0,63. Quando os testes foram correlacionados com a produção de leite, observou-se uma correlação negativa e significativa (p < 0,05) de r = -0,27 e r = -0,28 para o CMT e a CCS, respectivamente. Na associação das reações do CMT com a CCS obtiveram-se médias de 0,78 x 10(6) céls/ml para as reações negativas (N, T e 1+) e média de 5,32 x 10(6) céls/ml para as reações positivas (2+ e 3+). Os resultados indicam que, para evitar resultados falso-positivos, outros testes diagnósticos deverão ser usados juntamente com o CMT, para se avaliar a saúde da glândula mamária caprina.

The relationship between the California Mastitis Test (CMT) and the somatic cells count (SCC) was studied in milk samples of 68 dairy goats of Anglo Nubian, Brown Alpine and Saanen breeds. The samples were collected twice a month, during seven months and tested by CMT, microbiological culture and SCC. Only milk samples negative in the microbiological examination were considered in the analysis. The results showed a significant positive correlation (p < 0.05) between CMT and SCC (r = 0.63), and a negative correlation (p < 0.05) between CMT, SCC and daily milk production (r = -0.27 and r = -0.28). In the association between the CMT and SCC it was obtained a mean of 0.78 x 10(6) cell/ml for the negatives reactions (N, T and 1+) and 5.32 x 10(6) cell/ml for the positive reactions (2+ and 3+). The results showed that in order to avoid the false positives results, other diagnostic test must be done together with CMT test to evaluate the goat milk to detect subclinical infections.

O efeito do ambiente e do genótipo foi estudado em dez fazendas particulares no Estado do Ceará, em 480 ovelhas Crioulas, 48 carneiros Santa Inês e 1474 cordeiros F1. As características estudadas foram taxas de acasalamento, fertilidade ao parto, prolificidade e desmame, bem como os pesos ao nascer, 56, 84 e 112 dias de idade e os ganhos diários de peso do nascimento aos 56, dos 56 aos 84 e do nascimento aos 112 dias de idade. Houve efeito significativo da raça sobre as taxas de acasalamento, fertilidade e desmame, sendo que as ovelhas F1 produziram menos cordeiros que as Crioulas. Houve efeito significativo da idade das ovelhas e da fazenda sobre todas as características estudadas, exceto o efeito da idade da ovelha sobre a taxa de desmame. Os pesos e os ganhos de peso na fase de crescimento, de modo geral, foram influenciados pelo ano de nascimento, tipo de nascimento, fazenda e reprodutor dentro de fazenda. As estimativas de herdabilidades para os pesos variam de 0,36 a 0,53, mostrando que existe grande possibilidade para se melhorar a taxa de ganho de peso dos cordeiros cruzados por meio de seleção.

The effect of environment and genotype on the Brazilian tropical sheep reproductive performance were evaluated on 480 native ewes, 48 Santa Inês rams and 1.474 F1 lambs from ten private farms in the state of Ceará. The studied traits were mating, fertility, prolificacy and weaning rates, as well as the weight gains at birth, 84 and 112 days, and average daily weight gains from birth to 56, from 56 to 84 and from birth to 112 days. There were effect of breed on the mating, fertility and weaning rates. The F1 ewes were less productive than the natives, but the 1/2 Santa Inês + 1/2 native and 3/4 Santa Inês + 1/4 native lambs had similar growth rates. There were also effect of ewe ages and farm effect on all studied traits, except for ewe ages on weaning rates. Birth year, birth type, farm and ram within the farm, generally, influenced the weights and weight gains in the growth phase. The heritabilities estimated for the weight gain ranged from 0.36 to 0.56, showing that there is a large possibility for improving the weight gain rates of crossbred lambs through mass selection.

O estudo foi realizado para avaliar as características produtivas dos caprinos mestiços submetidos às condições climáticas do semi-árido nordestino. Foram utilizadas 657 cabras, as quais foram mantidas em pasto nativo, no período seco, e alimentadas com milho e farelo de soja, e 945 crias mestiças, que foram aleitadas com leite de vaca até 24 horas de vida. As médias das cabras para prolificidade e peso ao parto foram respectivamente 1,69+0,03 e 36,38+0,03 kg, para ½ Pardo Alpina (PA) + ½ Moxotó (MO); 1,59+0,05 e 36,24+0,58 kg, para ¾ PA + ¼ MO; e 1,78+0,04 e 37,25+0,46 kg, para ½ Anglo Nubiana (NA) + ¼ PA + ¼ MO (Tricross). As médias de peso das crias ao nascer, aos 28, 56 e 84 dias de idade, foram respectivamente 2,26+0,04; 4,02+0,07; 6,93+0,14; e 10,97+0,03 kg, para ½ PA + ½ MO, 2,46+0,03; 4,32+0,05; 7,85+0,10 kg; e 12,18+0,19 kg, na mesma ordem de peso, para ¾ PA + ¼ MO e 2,46+0,03; 4,30+0,04; 7,48+0,09; e 11,86+0,17 kg, também na mesma ordem de peso, para Tricross. As cabras mestiças apresentaram prolificidade semelhante às nativas. As crias ¾ Pardo Alpina e as Tricross foram mais pesadas que as crias ½ Pardo Alpina + ½ MO, provavelmente em função do maior percentual de sangue exótico observado nestes dois grupos genéticos.

The experiment was carried out to evaluated the reproductive traits of crossbred goats submitted to the semi-arid Notheast climate conditions. Data from 657 does kept in a native pasture and fed corn and soybean meal based diet, during the dry season, and 945 kids milked up 24 hours, were analyzed. The means for the does prolificacy and at kidding weight were respectively 1.69+.03 and 36.38+.03 kg for ½ Pardo Alpina (PA) + ½ Moxotó (MO), 1.59+.05 and 36.24+0.58 kg for ¾ PA + ¼ M0 and 1.78+.04 and 37.25+.46 kg for ½ Anglo-nubian + ¼ PA + ¼ MO (Tricross). The means for birth weight and at 28 days, at 56 days and at 84 days for the kids were respectively 2.26+.04; 4.02+.07; 6.93+.14 and 10.97+.03 kg, respectively, for 1/2 PA+1/2 MO; 2.46+.03; 4.32+.05; 7.85+.10 kg and 12.18+.19, and 2.46 + .03; 4.30+.04; 7.48+.09 and 11.86+0.17 kg, for Tricross. The crossbred does showed prolificacy similar to the native. The weight gain of kids ¾ PA + ¼ MO and Tricross were higher than for ½ PA + ½ MO, probably due to the higher percent of exotic blood in these genetic groups.